داستان در سری Rainbow Six اهمیت بسیار کمی دارد. تقابل نیرو‌های ضد‌تروریستی با تروریست‌ها برای نجات گروگان و یا خنثی‌سازی بمب، تنها روایت مختصری از داستان است که فقط زمینه‌ای برای ارایه یک گیم‌پلی جذاب به شمار می‌روند. در Siege داستان در مورد تقابل گروه رینبو با نیرو‌های «White Masks» است که هویتی نامشخص دارند و در سراسر جهان به خراب‌کاری می‌پردازند. اهمیت کم‌تر داستان در آخرین نسخه  پر‌رنگ‌تر نیز شده و از آن‌جایی که شاهد یک اثر مبتنی بر همکاری تیمی و بازی چند‌نفره هستیم، داستان کم اهمیت‌ترین عنصر بازی به شمار می‌رود. ولی گیم‌پلی جایی است که Siege حرف‌های زیادی برای گفتن خواهد داشت. یوبی‌سافت در جریان معرفی بازی، آن را اثری «فاقد بخش داستانی» معرفی کرد که بر روی ارایه یک تجربه جذاب چند‌نفره تمرکز می‌کند. البته نبود بخش داستانی، به منزله نبود بخش تک‌نفره نیست و گیمر‌ها می‌توانند به تنهایی مراحل آموزشی را برای حرفه‌ای شدن در بازی پشت سر بگذارند یا حالت «Terrorist’s Hunt» را به همراهی هوش مصنوعی بازی کنند. ولی تا زمانی که Siege را به همراه دوستانتان بازی نکنید، لذتی از آن نخواهید بود.